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样品要求

  • RNA测序样品要求
  • DNA测序样品要求

RNA测序样品要求

1. 合作伙伴请提供每个样品具体的浓度、溶剂、体积、制备时间以及物种来源。同时附上QC数据,可以是电泳胶图、分光光度值、NanoDrop仪器检测数据或者AgilentBioanalyzer仪器检测数据等。

2. 总RNA样品最好在进行高通量测序样品制备的1个星期前寄出。

3. 送样要求请参照下表:

文库类型 样本类型 文库 测序类型 检测结果(单次建库样品量|浓度)
大小 Agilent /AGE NanoDropTM
真核转录组;链特异性转录组;RNA-seq Total RNA 200bp PE101; SE50(RNA-seq) m≥5 μg RIN≥6.5 OD260/280≥1.8
C≥50 ng/μL 28 S/18 S≥1.0 OD260/230≥1.8
ds cDNA (真核)不包括PCR产物、打断样品 m≥2 μg 1.8≤OD260/280≤2.2
C≥15 ng/μL
未打断的、oligo(dT)纯化的mRNA,去rRNA 的RNA m≥0.2 μg rRNA<10%
 C≥20 ng/μL
Low-input(200ng)RNA(Quantificaiton) Total RNA 200 bp SE50 m≥0.2μg 28S/18S≥1.0 OD260/280≥1.8
C≥10ng/μl OD260/230≥1.8
LncRNA-Seq Total RNA 200 bp PE101 m≥5 μg RIN≥7.0
C≥150ng/μL 28 S/18 S≥1.0
小RNA-seq Total RNA 18-30 nt SE50 m≥5 μg
C≥200ng/μL
血清/血浆/免疫共沉淀RNA m≥50 ng
C≥1 ng/μL
Small RNA(<200 nt) m≥1μg
c≥20 ng/μL

 

样品运输要求:

  • 样品请置于1.5ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50ml带盖离心管中,再将50ml管放在封口袋中。密闭的离心管内请勿放置液氮等以免温度变化引起爆裂。
  • 使用足量的干冰运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。

注: 由于生物实验存在不确定因素,如果在样品制备过程中出现非正常情况,我们会立即与合作伙伴沟通,准备新的样品。请合作伙伴保存样品的备份。

DNA测序样品要求

1. 合作伙伴需要提供Qubit、Nanodrop,AGE,或者Agilent2100中一种或多种形式的样品分析结果。大片段DNA文库样本需要基于Qubit定量方法或者AGE定量方法,推荐NanoDrop定量。

2. 样品的浓度、需要量如下表所示:

文库类型 样本类型 文库大小 测序类型 浓度(ng/ul) 单次建库需求量(ug)
基因组、重测序小片段文库 基因组DNA ≤800bp PE91 c≥30 ≥3
基因组大片段文库 基因组DNA 2K PE50 c≥133 ≥20
5-6K PE50 c≥133 ≥20
10K PE50 c≥133 ≥30
20K/40K PE50 c≥133 ≥60
简化基因组(RAD-Seq)文库 基因组DNA 300-500 bp PE91/SE50 c≥25 ≥1
PCR-free 文库 基因组DNA ≤800bp PE91 c≥30 ≥10
单一条带PCR产物 500bp PE91 c≥30 ≥3
EXON Agilent 、Nimblegen EZ、 Nimblegen Array(多杂) 基因组DNA 150-200 bp PE91 c≥37.5 ≥3
EXON Nimblegen Array(固相单杂) 基因组DNA 150-200 bp PE91 c≥40 ≥13
基因分型 基因组DNA c≥30 ≥1

3. 应仔细纯化样品,尽量避免多糖、蛋白质和外切酶的残留;样品必须注明溶剂成分。

4. ≥5Kinsert文库,要求提供样品普通琼脂糖电泳(推荐用0.6%凝胶,marker选用λ-HindIIIdigest或其他具有20kb以上条带的ladder,80~120V电泳40~60min)结果,基因组DNA主带应在λ-HindIIIdigest最大条带23kb以上,若有脉冲场电泳结果,则DNA主带应在40kb以上。

5. RAD文库应注意以下几点: 1) RAD-Seq对样品定量准确性要求很高,直接影响最终样品间的数据分布。同时多糖、蛋白或高浓度离子也会影响酶切效果,可能导致数据不均。 2) 建议合作伙伴尽可能提供同一批次的基因组DNA样品,以免因不同批次提取效果不一而导致酶切效果不均。 3) 建议合作伙伴务必用RNase酶处理基因组DNA样品(特别是植物样品),以免影响样品定量的准确性。 4) RAD-Seq样品中被判断为LevelC的可用于Non-targetreads文库的构建,但数据信息等可能会受到影响。

6. 合作伙伴还需提供的样品信息: (1)样品保存条件或溶剂类型:干粉、酒精、TEbuffer或超纯水; (2)样品基因组DNA提取方法:盐析法、CTAB法或商品化试剂盒等。

7. 我们收到样品后,需要对样品进行检测,最终样品的量和纯度,以检测结果为准。

8. DNA如果用乙醇沉淀,则可以常温运输,否则在运输过程中,最好放在干冰中,时间不要超过72小时,如果利用冰袋运输,则时间最好不要超过24小时;且在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染。

样品运输要求:

  • 样品请置于1.5ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50ml带盖离心管中,再将50ml管放在封口袋中。密闭的离心管内请勿放置液氮等以免温度变化引起爆裂。
  • 使用足量的干冰运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。

注: 由于生物实验存在不确定因素,如果在样品制备过程中出现非正常情况,我们会立即与合作伙伴沟通,准备新的样品。请合作伙伴保存样品的备份。

(工作日:8:30-17:30)