科学家 · 科研服务:0571-87885727
  医   生 · 精准医疗:0571-87885730
  大   众 · 健康检测:0571-87181268
当前所在位置 >三代转录组测序分析
  • 三代转录组测序分析
  • 产品案例
在线下单
I 产品介绍

全长转录组是基于PacBio单分子实时测序技术的超长读长数据,从而实现无需拼装的全长转录组本分析。三代测序平均10-15Kb的读长数据,可以覆盖转录本的完整结构,从而实现对可变剪切、等位基因表达等进行精确分析。三代转录组测序必将成为生命科学研究的新热点。

II产品参数

测序数据:≥6G/样本 \                        样本选择:≥ 20µg RNA/样本

项目周期:40 个工作日                    产品优势:长读长,直接获取物种的基因结构信息

III产品流程

tupian1

研究材料:甜菜幼苗

研究策略:构建三代测序1-2Kb、2-3Kb,>3Kb文库,使用P4C2试剂,2个cell/文库

研究目的:寻找在非模式植物中基因预测的新方法

研究结果:获得109,920条全长转录本序列,其中98%包含完整的ORF;同时将测序结果

同二代测序结果进行比较,灵敏度和准确度有大幅提升,获得了一个更好的基因

集。通过将三代全长reads比对到参考序列上,自动化流程验证了2267个基因

model,手动纠正了400个基因model。采用上述可靠的基因model,选择了

2000个非冗余训练基因和542个测试基因构建了优化后的AUGUSTUS基因预测

参数,最终预测甜菜有26,923个基因;预测了UTR的长度波动范围,3’UTR为

242±59bp,5’UTR为104±30bp。

tupian22222

  转录本长度描述

 

 

 

 

tupian3333

 基因结构分析

参考文献Minoche André E,et al. Exploiting single-molecule transcript sequencing

for eukaryotic gene prediction.[J]. Genome biology,2015,16

 

(工作日:8:30-17:30)