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 产品介绍

RAD(Restriction-site Associated DNA)是通过特定的限制性内切酶对基因组进行酶切,得到与限制性核酸内切酶识别位点相关的 DNA片段。RAD-seq 群体进化分析是基于对酶切获得的RAD tag 进行高通量测序,获得大量变异信息,进一步从分子层面上揭示该物种的演化历史、进化机制及环境适应性等系列问题。RAD-Seq 技术操作简便,同时不受有无参考基因组序列的限制,是一种经济、快速的研究手段。

 

产品参数

项目周期:90 个工作日

测序策略:≥1.2X/样本

样本准备: 3µg/样本,≥30 自然个体

产品优势:经济、快速、有无基因组物种均可

 

产品流程

 

RAD-seq-quntijinhua-fenxi-1

【通过RAD-seq确定美国栎树进化地位】

研究材料:选取栎属 21 个物种

研究策略:2010 年对 21 个物种的测序量为平均 33Mb/样本,

2012 年对其中 7 个物种进行加测,加测数据为平均 285Mb/样本

研究目的:利用 RAD 数据推断栎属 22-33 Myr 前的进化枝中物种的系统发育关系

研究结果:通过对 21 个物种的序列数据分析构建系统发育树,分成了 4 个大类;将同一个物种 2010 年和 2012 年的测序结果分开作为两个样品进行分析,发现分类结果一致,位于相同的进化分枝上。

 

RAD-seq-quntijinhua-fenxi-2
 

参考文献:

A framework phylogeny of the American oak clade based on sequenced RAD data. PLoS ONE, 2014.

(工作日:8:30-17:30)