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问题百科

公共问题
1.如果数据较大,怎么把数据给你们做后记分析?
可以将数据考入硬盘,联系当地销售人员或自己寄送到公司。
2.是否能提供SRA格式的数据文件?
我们提供的下机数据是FASTQ格式文件,可以直接用来分析,SAR只是包括其他内容(文库信息,项目信息等)的数据库。
3.文献中看到有提flowcell channel,与lane是一个意思吗?
是的。
4.完成项目提供最终数据后,壹基因能为客户保存数据多长时间?
壹基因承诺在最终数据提供后,可继续保留数据3个月,逾期自动删除。如果需要继续保存,需在这3个月内提出,签订协议并根据实际存储数据量与存储时间进行计费。
5.剩余样品在项目完成后能否返?
项目完成,剩余样本可继续保留60天(时间从发送项目结题报告日开始计算),逾期将自行销毁。如需返还剩余样本请在时间期效内与项目管理人员联系办理。
6.剩余样品的定义是?
剩余样品是指由甲方提供的原始样品(如DNA 、RNA、组织等)。由乙方进行测序过程中产生的中间产物(如胶块、文库等)除合同中有特别约定外,将不予返还。
7.样品返还费用由谁承担?
我们根据要求选择适当的运输方式/快递公司/按照标准寄送,但不承担样品运输过程中可能存在的样本损坏、降解等风险。但相关费用由客户承担(该费用主要包括干冰、包装、快递、保险等费用)。
8.可以提供文库制备的实验记录资料吗?
实验记录属于公司保密内容,所欲员工均不得泄露。但一些常规的实验流程,用于发表文章所用的信息,可联系项目管理获取。
9.Cluster是不是越多越好?
Cluster数量要求适中,并不是Cluster越多越好。
10.如果因为建库的原因导致测序结果不好,是否会重新建库?
如果是因为建库的原因导致测序有问题,是会重新建库测序。但是在测序前一般都会有个QC的过程以保证建库的质量。
11.cluster 的制备原理是什么?

12.关于CLUSTER(簇)制备,如何确定CLUSTER(簇)制备的质量? 其中的扩增步骤中”n=35 总数”是否表示在CLUSTER制备中会做35轮扩增?如是,为何要如此多的循环数? 扩增的循环数越多,碱基错误的概率越大。
CLUSTER制备过程全部是按照illumina的官方标准程序来操作的,N=35时信号足够强到可以被检测到,准确度也在范围内,小了检测不到信号,大了准确率降低,这都是illumina公司经过多次测试的结果。
13.如果想看基因表达情况,推荐用哪种产品?
RNA-seq Quantification。
14.为什么要做control lane?可以只用1/2lane 做control吗?
control lane是指每张flowcell上指定碱基平衡的文库,作用是较正phasing/prephasing,cross-talk等matrix;对于SE测序,目前壹基因建库的RNA-seq文库有过只用0.5条lane作control的案例。

1条lane做control的优势:1 control lane可以保证这条lane对整张片子发挥正常的校正参数作用;对于碱基不平衡的样本,1/2或者1/4control lane不能发挥正常校正作用,那么整张FC均有测序失败的可能。

(工作日:8:30-17:30)