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 产品介绍

单体型图 HapMap(Haplotype Map)是建立存储某一物种常见 SNP 变异以及 LD值等相关信息的数据库。从常见SNP中挑选出更具代表性的标签 SNP(Tag SNP),这些相对数量较少的标签 SNP 集合所包含的基因型信息, 可以代表整个基因组的大部分遗传信息。因此,HapMap 的建立,可获得用于设计高密度 SNP 基因分型芯片的数据信息,将大大地简化该物种后续遗传学研究的数据量,从而提高后续相关研究的速度与效率。

 

产品参数

项目周期:100 个工作日(具体根据样品个数而定)      测序策略:≥3 X/样本

样本选择:3µg/样本,核心代表品种                                产品优势:高密度,高效率

 

产品流程

 

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【利用HapMap研究玉米遗传变异 】  

研究材料:103 株玉米(驯化前、驯化品系、一个代表性的近缘属)

研究策略:每个样品约 4.2X 的全基因组测序数据

研究目的:野生和栽培品种玉米遗传变异研究;

研究结果:不同品种间玉米基因组大小的变化主要与大量的转座子有关;

构建了一张含5500万个SNP位点的第二代玉米HapMap;

发现染色体结的存在或缺失造成了“种内”玉米基因组大小出现很大的差异;

综合利用玉米二代HapMap的标记数据对5个重要的农艺性状进行GWAS分析,与HapMap1结果保持一致,且关联更紧密。

 

dantixing-tupu-2

 

参考文献:

Maize HapMap2 identifies extant variation from a genome in flux.  Nature Genetics, 2012.

(工作日:8:30-17:30)