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 产品介绍

目标性状全基因组关联分析(GWAS)是指通过大样本低深度全基因组重测序、大样本简化基因组测序两种策略对人或动植物重要群体、资源进行基因型鉴定,并与关注的表型数据进行全基因组关联分析,找出与关注表型相关的 SNP 位点,定位性状相关基因。

GWAS 无需构建作图群体,自然群体/种质资源都可作为研究材料,可一次性同时考察多个性状,能获得更高的标记密度和更精确地定位,应用前景好。

 

产品参数

项目周期:100 个工作日(具体根据样本数而定)

测序策略:RAD-Seq≥1.2 X/样本,全基因组重测序≥3 X/样本

样本选择:3µg/样本,≥200 个体

产品优势:无需构建群体,可同时关联大量性状

 

产品流程

 

GWAS-1

【高粱遗传基础与农业气候的GWAS研究】  

研究材料:971份遍布全球,适应于不同农业气候条件的高粱品种

研究策略:简化基因组(GBS)测序+全基因组关联分析(GWAS)

研究目的:从全基因组水平深入解析高粱遗传基础,发现更多基因为分子育种提供理论基础

研究结果:获得265,487个SNP,分析发现高粱LD值平均在150Kb内下降到一半;

进行群体结构分析,同时鉴定了原始作物扩散至亚非不同气候区域的方式;

利用其中 336 个高粱品系,通过 GWAS 分析定位到多个与株高相关的已知基因,同时定位到多个与花序结构相关的候选基因位点。

 

GWAS-2
 

参考文献:

Population genomic and genome-wide association studies of agroclimatic traits in sorghum. PNAS, 2013.

(工作日:8:30-17:30)