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 产品介绍

全基因组重测序群体进化分析是对已知基因组序列物种的群体进行测序,通过与参考基因组序列进行比对和在群体水平进行全基因组水平的变异检测,得到大量的 SNP、 InDel、 SV、CNV、PAV 等遗传变异信息,通过研究物种群体内的基因频率和基因型频率变化情况,结合相应的统计分析手段,讨论群体的遗传结构、遗传平衡和影响群体遗传平衡的因素,达到从分子层面揭示该物种的演化历史、进化机制以及环境适应性等系列问题。

 

产品参数

测序策略:≥5X/样本项目

周期:100 个工作日(具体根据样本数而定)

样本准备:3µg/样本,≥30自然个体

产品优势:根据研究目的,提供个性化信息分析

 

产品流程

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【全基因组重测序揭示黄瓜驯化机制和多样性】

研究材料:30 个印度品种、29 个欧亚品种、37 个东亚品种、19 个西双版纳品种,共 4 大类 115 份黄瓜种质

研究策略:测序深度平均 18.3X

研究目的:基于高通量测序技术对黄瓜进行群体重测序,揭开进化及多样性谜题

研究结果:印度品种表现出了更多的基因多样性;

在驯化过程中,果蔬比谷物的基因多样性下降趋势更大;

检测到112个候选选择性清除位点,其中有一个长度为442kb包含67个基因的选择区域与黄瓜苦味性状相关;

在西双版纳品种中发现CsaBCH1基因片段上第257个氨基酸发生改变,导致编码 β -胡萝卜素羟化酶的基因失效。

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参考文献:

A genomic variation map provides insights into the genetic basis of cucumber domestication and diversity. Nature genetics, 2013.

(工作日:8:30-17:30)