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基因组数据库

 

随着计算机和测序技术的飞速发展,近 20 年人类基因组数据及各种动植物和微生物的基因信息呈爆炸式的增长。人类基因组计划耗时 10 年时间才完成,而目前一套 Illumina 的HiSeq X Ten 在 3 天时间内,就可测出 180 个人的全基因组(约 540G 的数据) ,现在国内HiSeq X Ten 就有 3 套,如果全部满载测序, 3 天就可以产生 540个人的全基因组。

 

短短几十年的时间, 测序技术的极速发展推动了整个人类健康事业的前进。 但是测序技术的飞速发展也给下游的数据挖掘和生物信息分析带来了巨大的挑战。 众所周知, 大数据不简简单单是数据大,更重要的是对大数据进行分析,只有通过分析才能获挖掘出深入的、有价值的“真金白银”!

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基因组数据库是将某一/多个物种的基因组、RNA、蛋白序列等多维信息整合到物种数据库中, 形成一个具有序列查找和分析功能的可视化网站,为该领域的研究者提供一个前所未有的全面、快捷、高效的数据分析和检索平台,将大大加快该物种的研究速度。

 

壹基因拥有专业的平台搭建经验,全面整合数据,实现数据的可视化和便捷管理,让您最大程度的利用和管理数据。

 

功能模块

1. 基因组特征:展示基因组序列的位点信息,GC 含量以及碱基对应潜在密码子信息;

2. 基因组比对信息:该物种测序 reads 或相关物种的片段序列比对基因组的专有比对文件bam 信息展示,查看基因组序列某区域的 reads 覆盖度;

3. 基因组注释信息: 对已注释到的功能元件, 主要包括: 基因区域、 内含子、 外显子、lncRNA、repeat等注释信息展示;

4. 区间统计量: 基于区间度量基因组特征的信息展示, 如基因表达量、 区间内基因数量等;

5. 与项目关联的网页:介绍项目背景,科学意义等说明性的或文本性数据类型的展示;

6. 数据发布:主要提供开放数据的上传下载功能;

7. 基因组学分析工具搭建:常用的基因组学相关数据分析工具,如 blast 比对软件;

8. 网站后台管理平台:主要包括用户信息管理,网站内容更新;

9. 个性化需求:根据项目自身特点,数据类型,开发特有的表现形式。

 

需要您准备的材料

(1)网站内容展示文字信息和图片材料。

(2)系统所需格式数据,如:GFF3,BED,FASTA,Wiggle,BigWig,BAM 等文件格式。

注:如果基因组项目在壹基因完成,数据由壹基因提供相应的格式数据。

 

部分功能模块展示:

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(工作日:8:30-17:30)