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 产品介绍

包括二代简单基因组二代复杂基因组。绘制全基因组序列图谱,将带动该物种下游研究的全面开展,并为后续目的基因挖掘、功能验证提供有效信息。

二代简单基因组是指利用二代测序平台对基因组杂合度<0.5%、重复序列<50%的二倍体物种进行从头测序并进行拼接,从而获得该物种的基因组序列图谱。

二代复杂基因组是指利用二代测序平台对基因组杂合度>0.5%或重复序列>50%的二倍体物种或多倍体物种进行从头测序并进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。由于复杂基因组的杂合度、重复序列高,所以其拼接、组装难度就比简单基因组要高,要求测序数据深度达到 200×以上,组装策略采用复杂基因组策略。

 

产品参数

(二代简单基因组)

样本准备:≥300µg DNA

组装指标:Contig N50≥30kb Scaffold N50≥1Mb

项目周期:120 个工作日

产品优势:项目经验丰富,发表多篇基因组高水平文章

(二代复杂基因组)

样本准备:≥0.5mg DNA

组装指标:Contig N50≥20kb Scaffold N50≥300kb

项目周期:140 个工作日

产品优势:项目经验丰富,发表多篇基因组高水平文章

 

产品流程

 

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案例1.【藏羚羊基因组序列图谱构建】

研究材料:可可西里自然保护区的一只雄性藏羚羊
研究策略:Illumina Genome Analyser WGS 68X
研究目的:绘制藏羚羊基因组序列草图,揭示高原适应的遗传机制
研究结果:通过与其他多种平原动物进行比较基因组学分析,发现藏羚羊基因组显示出适应性进化信号, 其中与能量代谢和氧气运输等相关的基因家族发生了显著扩张, 这可能在其低氧适应中发挥重要作用;
对已知的 247 个高原适应性相关基因进行了筛选,发现 7 个基因在藏羚羊与美国高原鼠兔中发生了趋同进化。

 

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参考文献:

Draft genome sequence of the Tibetan antelope. Nature Communications,2013.

 

案例2.【科研界的“早生贵子”四部曲之枣基因组】   

研究材料:多年生木本植物枣树

研究策略:BAC-to-BAC+WGS(PCR-free 文库),249.72 X

研究目的:绘制枣树基因组序列图谱,为分子标记辅助育种提供研究平台

研究结果:是鼠李科首个发表基因组的物种,也是目前植物中杂合度最高的物种(1.9%);通过与蔷薇科的 7 个近缘物种进行比较基因组研究,首次发现枣果同时具有柑橘和猕猴桃两种积累 Vc 的分子机制,一方面 L-半乳糖合成 Vc 途径得到大幅度加强(类似柑橘),另一方面 Vc 再生途径中的关键基因 MDHAR 家族出现极显著扩张 (类似猕猴桃);该研究还揭示了枣树自我修剪机制、抗旱、耐盐、枣果富含糖分等独特和优异性。

 

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参考文献:

The complex jujube genome provides insights into fruit tree biology. Nature Communications, 2014

(工作日:8:30-17:30)