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  • 极端性状转录组混池测序分析
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产品介绍

由数量性状位点控制的表型性状在作图群体中呈现近似正态分布,分别选取作图群体中两种极端表型个体,等量RNA混合后构成两个混合池,进行转录组测序,即BSR-Seq(Bulked Segregant RNA-Seq)。BSR-Seq 除了能在基因表达水平揭示差异表达基因,还能在序列变异水平计算SNP的BFR(bulk frequency ratio)和CAR(combined allele  ratio),筛选出与极端表型相关的位点。这种新的分析思路有效缩小了候选基因范围,为数量性状相关基因定位提供了新选择。

 

产品参数

测序数据:≥10G/混池

样本选择:有/无参考基因组的作图群体(F1,F2,BC 等),取10%-25%极端表型个体等量混 RNA、5µg/混池

项目周期:45 个工作日

产品优势:利用作图群体在基因表达水平对控制极端表型的主效基因区域定位

 

产品流程

 

BSR-seq-1

【鲶鱼抗肠败血症候选基因研究】

研究材料:高抗型鲶鱼和易感型鲶鱼的 BC1 代,从中挑选易感型和高抗型各 24 个个体混合后进行 RNA 测序

研究策略:PE100 平均 13G/池

研究目的:通过 BSR-Seq 寻找鲶鱼抗肠败血症相关的基因

研究结果:首次用 BSR-Seq 的方法进行动物实验,鉴定出 1,255 个差异基因;通过计算 BFR 值和 CAR 值筛选出 17 个与抗病性相关的变异位点对应的基因。

 

BSR-seq-2
 

参考文献:

Bulk segregant RNA-seq reveals expression and positional candidate genes and allele-specific expression for disease resistance against enteric septicemia of catfish. BMC Genomics, 2013.

(工作日:8:30-17:30)