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 产品介绍

极端性状混池重测序分析是指针对两个具有单个极端表型差异的亲本构建家系,对子代具有极端表型差异的两个样本池进行等量混池和全基因组重测序,同时对亲本进行测序,利用集群分离分析方法( bulk segregant analysis ,BSA)快速有效地寻找与目标性状相关联的基因位点并进行注释。

 

该产品包括 QTL-Seq 和 MutMap 两个方法,从本质上来说两者是一致的,主要的区别是两者的亲本来源,前者的亲本是某性状两极端材料,后者的亲本是来自于突变体。两者都需要通过极端性状的亲本杂交获得性状分离的作图群体(F1/F2/BC/RILs 等) ,进而对亲本和群体进行测序和定位。

 

产品参数

项目周期:45个工作日

测序策略:≥15 X/亲本;≥30 X/极端性状混池

样本选择:作图群体(F1/F2/RILs/BC等);10%-25%极端表型个体,≥20个/池;3µg/池

产品优势:通过混池测序,快速经济定位控制极端性状的主效基因

 

产品流程

 

BSA-Seq-1

【BSA-Seq在水稻RILs/F2群体中验证】

研究材料:水稻稻瘟病抗性品系Nortai和Hitomebore杂交衍生RIL群体241株;

水稻苗活力强的品系Dunghan Shali和Hitomebore杂交衍生F2群体531株

研究策略:241株RIL群体抗性鉴定,抗性和易感性分别20株混合测序 且>6.88X/池;

531株F2群体的种子吸水14天后测苗高,最高株和最矮株分别50株混合测序,且>19X/池

研究目的:开发利用高通量重测序检测主效基因定位的有效方法

研究结果:Nortai 和Hitomebore间检测到161,563 SNPs,用BSA-seq检测到在6号染色体2.39-4.39 Mb区域index值差异显著且抗性相关,用分型芯片进行连锁分析验证了此结果;

用BSA-seq在F2群体中检测到两个SNP-index值差异显著的峰,其中包含了以前在RIL群体中利用连锁分析检测到的相关基因OsGA20ox1 

 

BSA-Seq-2
 

参考文献:

QTL-seq:rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations. The Plant Journal, 2013.

(工作日:8:30-17:30)